醬油廢水具有色度高、鹽度高、有機物濃度高的特點，屬較難處理的工業廢水。但其可生化性較好，此外，醬油釀造工業的清潔生產、廢水回收治理己受到越來越多的關注。目前廣泛采用的自清洗過濾器處理方法能達到較好效果。
自清洗過濾器整個控制系統都是采用高科技程序編程不需人工干預，可以根據水質自行調節清洗頻率，而且自身帶有報警系統，可以自動檢測故障，自動化程度很高。它的清洗功能可以在自清洗的同時反沖洗，以確保濾網內部所有雜質都能清洗干凈。這種二代新型高壓輔助全自動過濾器專門可以去除水中的粘性懸浮物高，雜質細小難以攔截的狀況。經全自動自清洗過濾器的醬油釀造廢水作為廉價培養基，既可以完全利用廢水中豐富的營養物作為產生微生物絮凝劑的碳源，又可以降低水中的污染物，特別是的含量，達到雙重功效我國醬油渣產量很大，由于其富含家畜及微生物生長所需的營養，經發酵后可制成微生物培養基、蛋白飼料，或直接作為飼料用于豬、魚類的養殖。。
此外，醬油渣也可應用于制曲等工藝。但我國目前對醬油渣的開發利用還進行得不多。隨著競爭的加劇以及環保意識的加強，從醬油渣中提取油脂、膳食纖維、磷脂、黃酮等將引起人們更多的關注隨著科學技術的不斷進步，自清洗過濾器處理醬油廢水工藝將逐漸完善，其投資運行費用低、操作簡單、效果穩定的特點將給醬油釀造工業帶來新的希望。